Αρμόδια όργανα για την οργάνωση και λειτουργία του Π.Μ.Σ. σύμφωνα με το νόμο 4485/2017 είναι:
1. Η Συνέλευση του Τμήματος
2. Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του Π.Μ.Σ.: απαρτίζεται από πέντε (5) μέλη ΔΕΠ του Τομέα Φυσικής Περιβάλλοντος-Μετεωρολογίας τα οποία εκλέγονται από τη Συνέλευση του Τμήματος για διετή θητεία.
Συντονιστική Επιτροπή του ΠΜΣ "Φυσική Εφαρμογών" για τη διετία 2018-2020:
- Μαρία Τόμπρου, Καθηγήτρια (Διευθύντρια Π.Μ.Σ.)
- Έλενα Φλόκα, Καθηγήτρια (Αναπληρώτρια Διευθύντρια Π.Μ.Σ.)
- Δέσποινα Δεληγιώργη, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια
- Μαργαρίτα-Νίκη Ασημακοπούλου, Αναπληρώτρια Καθηγήτρια
- Χρήστος Τζάνης, Επίκουρος Καθηγητής
3. Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. και ο Αναπληρωτής του: Ο Διευθυντής του Π.Μ.Σ. είναι μέλος και Πρόεδρος της ΣΕ. Ορίζεται μαζί με τον Αναπληρωτή του, με απόφαση Συνέλευσης του Τμήματος.